Biodiversité des sols : le monde invisible qui fait vivre la Terre

Sous nos pieds, un écosystème que nous connaissons encore mal

Une feuille tombe au pied d’un arbre. Quelques mois plus tard, elle devient difficile à reconnaître. Entre ces deux moments, toute une communauté est intervenue : petits animaux, champignons et bactéries ont participé à sa fragmentation et à sa transformation. Ce travail discret relie la végétation de surface au monde souterrain. Le sol constitue un milieu de vie à part entière. Il comprend des particules minérales, de la matière organique, de l’eau et de l’air, mais aussi une grande diversité d’organismes. Certains sont visibles dès que l’on soulève une poignée de terre. D’autres nécessitent une loupe ou un microscope. Dans une présentation publiée le 26 octobre 2026, le CNRS décrit les ambitions du programme national SolsVivants, copiloté scientifiquement avec INRAE. Lancé en 2026 et doté de 9 millions d’euros, ce programme organise son séminaire de démarrage du 4 au 6 novembre. Son objectif : mieux comprendre les interactions entre les habitants du sol et leurs conséquences sur son fonctionnement.

Des vers de terre aux organismes microscopiques

Les vers de terre sont les représentants les plus familiers de cette biodiversité. Pourtant, ils ne constituent qu’une partie de la communauté. Acariens, collemboles, larves d’insectes, nématodes et nombreux micro-organismes occupent également les espaces disponibles. Ces habitants ne vivent pas tous au même endroit ni de la même manière. Certains fréquentent surtout les feuilles mortes de surface. D’autres exploitent les pores du sol, les films d’eau qui entourent les particules ou le voisinage immédiat des racines. La biodiversité des sols comprend ainsi des espèces, mais aussi des communautés et leurs relations. Pour comprendre ce qui se passe sous nos pieds, il faut examiner cette organisation autant que la liste des organismes présents.

Comment la vie du sol transforme les feuilles en ressources

Dans une forêt, la litière de feuilles mortes représente une ressource pour de nombreux organismes. De petits invertébrés fragmentent les débris, tandis que des bactéries et des champignons participent à leur décomposition. Cette activité transforme progressivement la matière organique. Les éléments nutritifs suivent alors différentes voies. Ils peuvent être incorporés dans les organismes, transférés lorsqu’un animal en consomme un autre, ou libérés sous des formes accessibles aux plantes. Le recyclage résulte donc d’une succession de transformations. Le Gis Sol distingue plusieurs grands rôles complémentaires : des organismes transforment la matière, d’autres régulent les populations, tandis que certains modifient la structure du milieu. Cette présentation aide à comprendre pourquoi un sol vivant dépend de fonctions variées.

Un réseau alimentaire plutôt qu’une chaîne unique

Sous terre, les relations alimentaires se croisent. Des organismes consomment des débris végétaux, d’autres des champignons ou des bactéries, et certains chassent de petits animaux. On parle de réseau alimentaire, car plusieurs parcours relient les êtres vivants. Cette diversité invite aussi à éviter une vision trop simple. Tous les organismes du sol ne favorisent pas directement la croissance des plantes. Certains sont parasites ou responsables de maladies. Le fonctionnement d’un écosystème repose sur cet ensemble de relations, avec ses coopérations, ses compétitions et ses prédations. Source : Wikimedia Commons — schéma scientifique des fonctions des lombrics. Auteur : Regina M. Medina-Sauza et al., 2019. Schéma en anglais, non modifié. Licence : CC BY-SA 4.0.

Les vers de terre transforment aussi la circulation de l’eau

Les organismes du sol agissent sur la matière, mais également sur l’espace dans lequel ils vivent. En creusant et en se déplaçant, les vers de terre créent des galeries. En ingérant puis en rejetant des matériaux, ils participent aussi au mélange des constituants du sol. Leurs galeries forment des passages pour l’air et pour l’eau. Elles peuvent également offrir des voies de progression aux racines. La structure du sol dépend donc en partie de l’activité de ses habitants. Ces effets s’ajoutent aux propriétés physiques du terrain. Un sol sableux, argileux ou fortement compacté ne réagit pas de façon identique. Observer des vers de terre renseigne sur une composante du milieu ; cela ne remplace pas une évaluation de l’ensemble de ses caractéristiques. Source : Wikimedia Commons — galeries dans une colonne de sol. Auteurs : Wiebke Mareile Heinze, Denise M. Mitrano, Elma Lahive, John Koestel et Geert Cornelis. Licence : CC BY-SA 4.0.

Un sol vivant n’est pas un filtre sans limites

La biodiversité souterraine contribue à des fonctions importantes, dont la filtration de l’eau et la transformation de certains contaminants. Ces capacités dépendent toutefois des organismes présents, des substances concernées et des conditions du milieu. Il serait donc trompeur d’imaginer que la vie du sol peut absorber toutes les pollutions. Reconnaître les services qu’elle rend conduit surtout à considérer le sol comme une ressource à préserver, dont le fonctionnement peut être perturbé.

Racines et champignons : des associations essentielles

Les racines ne prélèvent pas simplement des ressources dans un support passif. Leur voisinage, appelé rhizosphère, constitue une zone d’activité biologique intense. Les composés qu’elles libèrent alimentent notamment certains micro-organismes. Parmi les associations entre plantes et champignons figurent les mycorhizes. Dans ces symbioses, le champignon peut contribuer à l’approvisionnement de la plante en éléments minéraux, tandis qu’il reçoit des composés carbonés issus de la photosynthèse. Cette relation aide à comprendre pourquoi la nutrition végétale dépend aussi de processus biologiques. L’étude des plantes gagne ainsi à intégrer les organismes qui vivent autour de leurs racines ou en association avec elles. Source : Wikimedia Commons — extrémités racinaires mycorhizées. Photographie : Ellen Larsson, 2005. Licence : CC BY 2.5.

Le rôle du vivant dans le cycle du carbone

Les sols participent également au cycle du carbone. Les végétaux apportent de la matière organique par leurs résidus et leurs racines. Les organismes souterrains interviennent ensuite dans sa transformation. Ces processus peuvent contribuer au stockage du carbone, mais aussi à des émissions de gaz à effet de serre. La biodiversité du sol ne représente donc pas un mécanisme climatique à sens unique. Ses effets doivent être étudiés dans leur contexte, en tenant compte des conditions environnementales et de la gestion des terres.

Ce que SolsVivants cherche encore à comprendre

Les scientifiques connaissent déjà de nombreuses fonctions des organismes souterrains. Pourtant, inventorier les espèces ne permet pas de prédire précisément le fonctionnement d’un sol. Deux terrains présentant une richesse biologique comparable peuvent avoir des comportements différents. SolsVivants cherchera notamment à mieux décrire les réseaux d’interactions et à les intégrer dans les modèles de fonctionnement des sols. Les recherches porteront sur des milieux divers, des espaces agricoles et forestiers aux sols urbains ou fortement transformés. L’amélioration des indicateurs de santé des sols fait partie des retombées attendues. Il s’agit d’une ambition de recherche : la présentation du programme annonce une démarche et des objectifs, plutôt que des résultats déjà obtenus.

Apprendre à regarder autrement la terre qui nous nourrit

La biodiversité des sols relie des réalités que nous séparons souvent : une feuille morte, les racines d’un arbre, l’eau qui s’infiltre et les plantes cultivées pour notre alimentation. Comprendre ces liens donne une autre profondeur à un paysage familier. La FAO souligne que les pratiques de gestion peuvent modifier les habitats et les ressources des organismes souterrains. Le travail du sol, les changements de végétation ou certains traitements influencent ainsi la composition des communautés et leurs activités. À l’échelle d’un jardin, d’une exploitation ou d’un territoire, la question devient alors concrète : quelles conditions permettent de préserver les fonctions dont nous dépendons ? La réponse demande de tenir compte du milieu et de ses usages, plutôt que d’appliquer une recette unique. Le prochain regard porté sur un sous-bois ou une poignée de terre peut commencer par cette idée : sous la surface, une grande partie du travail reste invisible. Mieux connaître cette vie constitue une étape pour lui accorder une place dans nos décisions. Pour approfondir : l’écologie du sol sur Wikipédia. Sources documentaires : CNRS — PEPR SolsVivants : la recherche se penche sur nos sols, 26 octobre 2026. FAO — État des connaissances sur la biodiversité des sols. FAO — Portail de la biodiversité des sols. FAO — Organismes du sol et importance de la matière organique. Gis Sol — La biodiversité des sols.